Allerdings muss der Ordnername genau gleich sein.
Wenn du z.B. zurzeit emule in C:\Filesharing\emule installiert hast und sich der temp Ordner in C:\Filesharing\emule\temp befindet, dann musst du wie schon gesagt, den temp Ordner auf CD brennen oder sonst wie sichern.
Wenn du dann alles schön formatiert hast und dann emule wieder neu installiert, dann muss genau das gleiche Verzeichnis vorliegen, also C:\Filesharing\emule\temp. Dann musst du nur noch die gesicherten Daten wieder in den temp Ordner reinkopieren und gut is.
Wenn du allerdings nach der neu installation z.B. C:\emule\temp hast und dort die Daten reinkopierst dann wird sie emule nicht mehr erkennen, da in den temp Daten auch das Verzeichnis gespeichert ist.