ich hab jetzt ein problem, weil das schon einige zeit her ist, und das alter nagt....
ausserdem hab ich, keine virtuelle maschinen mehr, um das mal schnell für dich nachzuvollziehen. ich arbeite dran, hilft uns aber jetzt nicht. musst also selbst noch was tun.....
es gibt im dos den befehl attrib. geh zur eingabeaufforderung und lass dir dir parameter von dem befehl anzeigen - aufschreiben. diesen befehl benutzt du dann, wenn die cd gebbotet hat, um auf C:\ die io.sys und die msdos.sys zu entsperren und zu löschen. das gleiche mit der win.exe in C:\Windows.
damit hast du win98-billy dann sein gehirn geklaut. mach vorsichtshalber ein image, falls dir was schief laufen sollte...
dann nach gehabten modus nochmal reparier-installieren.
wenn das durch ist, rufst du msinfo auf. da gibt es einen menüpunkt, der dir anzeigt, welche systemdateien ersetzt wurden. da sind natürlich einige dabei, die gar nicht von windows sondern von installierten programmen sind.
arbeit ist das natürlich insgesammt, und weil es immer noch ein versuch ist, etwas zum funzen zu bringen, was aktuell nicht funzt, solltest du dir vll. auch mal eine neuinstallation ins auge fassen. ginge unter umständen insgesammt schneller....
auf dem root haben nur wenige dateien was zu suchen, aber viele progs schreiben ihren müll dahin. die systemdateien sind bei 98 in c:\windows\system
mehr kann und will ich dazu jetzt nicht sagen (zum vogang), weil ich dir nichts falsches schreiben will.